Waswanipi était un lieu d'échange autochtone puis s'y est établi un poste de traite. La Compagnie du Nord-Ouest s'y installe en 1799, et la Compagnie de la Baie d'Hudson en 1819. Le poste de traite était alors situé sur la rivière Waswanipi à environ 35 km en aval du village actuel. Le poste de la Compagnie de la Baie d'Hudson ferme dans les années 1960 et les Cris alors se dispersent. En 1976, un nouveau village est érigé à l'endroit où la route Chibougamau-Senneterre croise la rivière Waswanipi. La municipalité de village cri de Waswanipi a été créée le 19 juillet 1978.